一是建成覆盖所有定点医疗机构的新农合信息化监管平台，各定点医疗机构的医院管理系统全部与新农合管理系统对接，对所有住院病人诊疗、用药、收费情况进行即时监控。二是制定住院即报、大额公示、监督管理等制度，并通过网络进行公示。三是建立《新农合目标管理责任制》，将医疗费用控制、合理检查、合理用药等工作指标分解到科室及医生，完成情况与职称评定、奖金挂钩。四是成立医疗审核专家组，每季度对医疗质量进行检查督导。五是每半年对医疗机构进行一次综合考评，对规情况进行相应扣款，并及时调整基金使用范围。
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